[AYUDA] md5sum entre sistemas

[Paynalton]

Tengo una duda que es la siguiente:

Tengo que hacer un script que sube unos archivos por FTP en ascii, y 
quiero comprobar la integridad de los archivos.

Para esto había yo ideado que despues de subir los archivos se volvieran 
a bajar, a una carpeta temporal, allí comparar las sumas md5 y si no 
coincidían mandar un error o repetir el proceso.

El detalle es que las sumas siempre son distintas, los archivos 
originales se encuentran en un NTFS montada como un cifs. Y la carpeta 
temporal está en un ext3.

Alguien sabe si hay diferencias entre las sumas por esta razón??

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